¡Cuidado, una variante puede esconder otra! La secuenciación del virus en el mundo ha permitido destacar la evolución del coronavirus y la aparición de nuevas variantes que se han sucedido desde el inicio de la pandemia. Sin embargo, estas secuencias generalmente solo muestran la secuencia más numerosa en un individuo infectado. Mientras que en realidad, estas secuencias mayoritarias siempre van acompañadas de varias otras con modificaciones genéticas diferentes a las presentes en la secuencia mayoritaria. Esta revelación la hicieron investigadores de la Universidad Case Western Reserve, Ohio (EE.UU.), en un artículo publicado el 8 de septiembre de 2022 en la revista Genética Plos. Y este descubrimiento podría darnos una ventaja sobre el virus y su evolución.
Gran diversidad genetica
Los investigadores estudiaron en profundidad las secuencias del SARS-CoV-2 presentes en 254 pacientes destacando una gran diversidad genética del virus en cada uno de los pacientes (254 pacientes reclutados para este estudio, más 110 de bases de datos internacionales). Un total de 1.096 posiciones en la secuencia de ARN del virus mostraron al menos una modificación diferente a la de la secuencia mayoritaria, de las cuales 406 se observaron en varios pacientes (75 de ellas en más de 10 pacientes).
Mutaciones invisibles
Entre estas 75 mutaciones alternativas más frecuentes, 30 no fueron mayoritarias en ninguno de los pacientes. Es decir, no se habrían reportado en la secuenciación oficial, que solo tiene en cuenta el nucleótido más frecuente en cada posición para cada paciente. Por tanto, estas mutaciones habrían sido completamente ignoradas, aunque representan un número no despreciable de eventos (2.865 apariciones en estos pacientes). Peor aún, incluso aquellos que eran mayoría en al menos una persona habrían sido ignorados en la mayoría de los casos (1.553 casos contra 1.143 casos en los que se habrían tenido en cuenta, porque eran mayoría en un paciente). En estas personas se habrían invisibilizado un total de 4.418 eventos alternativos de mutación, teniendo en cuenta únicamente los presentes en al menos diez pacientes. Estos resultados se confirmaron con 110 secuencias encontradas en bases de datos internacionales, donde el 36% de las mutaciones alternativas son invisibles si solo observamos las secuencias mayoritarias en cada una de estas personas.
Estas secuencias invisibles podrían ocultar la siguiente variante dominante
El problema de ignorar gran parte de las mutaciones minoritarias es que corren el riesgo de convertirse en mayoritarias. Esto es lo que sucedió con la variante Delta, según los resultados de este estudio. Durante el período dominado por la variante Alfa, la variante Delta ya era detectable en algunos de los pacientes, meses antes de que esta variante se hiciera cargo. Si hubiéramos tenido en cuenta estas secuencias minoritarias, Delta nos habría cogido menos por sorpresa, causante de una gran mortalidad en todo el mundo. “Estas variantes genéticas observadas con baja frecuencia en personas infectadas pueden ser indicadores tempranos de nuevas cepas que podrían convertirse en responsables de las próximas olas epidémicas”resume Ernest Chan, director de bioinformática en el Instituto de Biología Computacional de Cleveland en la Escuela de Medicina Case Western, en un comunicado.
El número de secuencias minoritarias aumenta con el tiempo.
Sin embargo, cuanto más avanza la pandemia, más importante podría ser estar atento a las nuevas variantes. Porque, cuanto más tiempo pasa, más tiempo tiene el virus para infectar a más personas y evolucionar, sabiendo que cada persona infectada porta entre 1000 y cien mil millones de viriones durante el pico de la infección, lo que le da grandes posibilidades de desarrollo. Así, el promedio de secuencias alternativas por persona se duplicó entre abril de 2020 y agosto de 2021.
No hay diferencia en personas inmunocomprometidas
Algunos de los pacientes de este estudio estaban inmunocomprometidos, lo que en teoría podría permitir una mayor libertad de evolución del virus. Sin embargo, los investigadores no observaron más secuencias alternativas en estas personas. Sin embargo, el estudio no realizó un seguimiento a largo plazo de los participantes, por lo que es posible que estos pacientes acumulen más mutaciones del virus debido a infecciones más prolongadas.